Programas en AR.EMBnet

EMBOSS: software para análisis de secuencias, acceso web via wEMBOSS

Más de 100 aplicaciones para el análisis de secuencias agrupados en:

 Alineamiento de secuencias,

 Recuperación de secuencias de bases de datos,

 Identificación de motivos en proteínas y análisis de dominios,

 Análisis de uso de codones,

 Identificación de patrones,

 Análisis filogenético, entre otros.

wrappers4EMBOSS: software desarrollado en colaboración con el nodo Belga de EMBnet. Integra EMBOSS con software público como BLAST, fastA y Clustal

MRS: sequence retrieval system

STADEN, PHRED y CONSED: ensamblado de secuencias

GOLD STING: Predict protein, análisis y predicción de estructuras de proteínas

Equipos en AR.EMBnet:

Cuatro AMD Athlon XP 2.1Ghz, 1 Gb RAM, Linux (RedHat 7.3) conectados a 100 Mbit  y una Pentium 4  2.4 Ghz

Un servidor de archivos dual xeon  3 Ghz, 4 Gb RAM, un a raid controller con 1.5 TBytes SATA disks

Web services: Apache Web Server, Shell connection SSH, Cluster openMosix, Sun Grid Engine.

Bases de datos en AR.EMBnet

Nucleotide (EMBL) = EMBL release + EMBL updates; PDB; OMIM; Unigene; KEGG Ligand Compound, Enzyme, Glycan, Reaction; GOA; GO; Enzyme; UniProt (Protein) = SwissProt + TrEMBL; Taxonomy; Unigene; UniUnique; Interpro

Desarrollos

Live CD

Para facilitar el empleo de estas herramientas en lugares remotos con acceso limitado a internet, se desarrolló el "AR.EMBnet Live CD”, que consiste en una distribución adaptada de Knoppix (versión live-cd de Debian), diseñada específicamente para la comunidad de usuarios que trabaja en biología molecular.

Con sólo bootear la PC con el live-cd  es posible acceder a las siguientes herramientas:

* EMBOSS: paquete de programas gratuito de código abierto para biólogos moleculares.

* wrappers4EMBOSS : Interfases EMBOSS a una gran cantidad de programas de análisis de secuencias(CLUSTAL, BLAST, fastA, ps_scan, pf_make, bscan).

* wEMBOSS.  Interfase web a través de la cual el usuario puede acceder a EMBOSS.

AR.EMBnet Live CD ofrece, además, un importante conjunto de Bases de Datos :

Se publicó en EMBnet News el artículo:

“AR.EMBnet Live CD”

Diego Bellante and Martín Sarachu

www.embnet.org/download/embnetnews/embnet_news11_4-low.pdf

El Live CD se puede descargar desde: www.ar.embnet.org/livecd.html o se envía por correo postal a quienes lo soliciten.

Se publicó un nuevo release de la interfase gráfica wEMBOSS (wEMBOSS-1.6.0). Entre los cambios realizados a la nueva versión se encuentran:

- compatibilidad con los nuevos tipos de datos de EMBOSS-3.0.0

- conversión de las expresiones ACD a Perl, para mantener el orden de prioridad de EMBOSS.

- incremento de la velocidad mediante el preprocesamiento de los archivos de datos de EMBOSS.

Se publicó un nuevo release del paquete wrappers4EMBOSS (wrappers4EMBOSS-1.4.0). Los cambios en la nueva versión son:

- soporte para EMBOSS v2.9, 2.10 y 3.  EMBOSS-2.8 no está más soportado.

- fastapid usa matrices incluidas en el código del software en vez de leerlas de archivos.

- la versión de muscle fue actualizada para MUSCLE-3.6

- indexsearch puede ahora también correr con SRS8 y en línea de comandos.

- los programas que computan un "gap penalty" del tipo a*n+b, ahora aceptan parámetros -gappenalty  y -gaplength en lugar de -gapopen y -gapextend.