El Instituto reconoce en sus orígenes a los cursos de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas por ese entonces Facultad de Química y Farmacia, que estaban a cargo del Profesor Dr. Gabriel Favelukes, como su núcleo de creación y proyección futura. El Profesor Favelukes se incorporó a la vida académica de la Facultad el 1º. De diciembre de 1962, después de su entrenamiento posdoctoral en los Estados Unidos, e inició investigaciones sobre el mecanismo de síntesis de proteínas. No es atrevido decir que fue el Dr. Favelukes quién introdujo la biología molecular en la Universidad de La Plata. Rápidamente se agregaron estudiantes de doctorado que luego pasaron a ser discípulos que enriquecieron e hicieron crecer el grupo de investigación en bioquímica y biología molecular. Entre los primeros doctorados dirigidos por el Dr. Favelukes se encuentran a Esther A. Zylber y Oscar Grau. Mientras la Dra. Zylber desarrolló su carrera profesional en el extranjero, el Dr. Grau hizo su experiencia posdoctoral en el extranjero y retornó al laboratorio constituyendo su propio grupo de investigación.

El desarrollo del grupo alcanzó tal envergadura que el 6 de Agosto de 1991, por resolución del Honorable Consejo Superior de la UNLP se crea el Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM). Para ese entonces el  grupo había crecido en el número de investigadores, becarios, y pasantes, y también diversificado sus líneas de investigación.

Así, dado que el espacio de laboratorios resultó muy limitado, el IBBM en 1994 se mudó a una parte del edificio que inicialmente había sido construido para alojar el Liceo dependiente de la UNLP, y que posteriormente fue modificado su destino.